Entre maio e junho de 2025, os Laboratórios de Bioinformática e de Regulação da Expressão Gênica em Microrganismos, ambos sediados no Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP) e vinculados ao Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B3), promoveram a primeira edição do curso “Decoding Your Phage”. A iniciativa teve como objetivo capacitar pesquisadores sem formação específica na área para a condução de análises iniciais em bioinformática em genomas de fagos de forma autônoma.
Segundo Fernando Pacheco Nobre Rossi, co-organizador do curso, a ideia surgiu a partir da demanda de Julio Cezar Franco de Oliveira, colaborador do CEPID B3 e docente na Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), interessado em analisar e selecionar amostras de bacteriófagos – vírus que infectam bactérias e também são conhecidos como fagos – com maior independência. “Desenvolvemos o curso para que pesquisadores que costumam atuar apenas na bancada consigam entender processos básicos de bioinformática, desde o momento em que a amostra sai de um sequenciador de material genético até a obtenção do genoma completo”, explica Rossi. “Com os dados em mãos, o pesquisador pode avaliar se vale a pena seguir analisando todas as amostras ou concentrar esforços em uma única, por exemplo”, complementa.
Os participantes acompanharam aulas temáticas semanais de cerca de uma hora, ao longo de maio e junho, com conteúdos teóricos e práticos sobre montagem de genomas, identificação de genes, taxonomia, controle de qualidade dos dados e comparação genômica. “Antes do curso, eu tinha medo daquela janela preta com letrinhas brancas; pude aprender desde o começo o básico do Python e do Linux para depois avançar no desenvolvimento do Anaconda e seus ambientes”, relata Nathan Silva, que participou do curso com o objetivo de aprender sobre o tratamento de dados no sequenciamento após a bancada.
Para Rossi, o curso teve um duplo papel: além de facilitar o trabalho dos cientistas ao introduzir ferramentas básicas da bioinformática, também contribuiu para otimizar o tempo de profissionais especializados, ao descentralizar tarefas iniciais. “É também uma forma de ajudar o pesquisador a entender que tipo de análise precisa realizar; se algum aspecto de determinado genoma já foi bem caracterizado na literatura, ele pode direcionar seus esforços para outras abordagens”, afirma.
Ao lado de Rossi e Oliveira, a proposta contou com a colaboração de Regina Baldini e João Carlos Setubal, coordenadores dos laboratórios participantes, além dos pesquisadores Guillermo Uceda Campos e Guilherme Wenceslau. Os organizadores planejam expandir a iniciativa para os demais grupos do CEPID B3 e outros públicos. “O processo foi incrível. Eu, com certeza, participaria de uma nova edição”, afirma Silva. Para Baldini, a proposta é promissora. “Acredito que, no futuro, o curso possa ser transformado em uma disciplina de pós-graduação ou uma optativa para a graduação, tendo um dos bioinformatas do CEPID como coordenador”.
Informações sobre novas turmas, datas e inscrições serão divulgadas por meio das redes sociais, do site oficial e da newsletter do CEPID B3.
